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En toda fundación deberá existir, con la denominación de Patronato, un órgano de gobierno y representación de la misma, que adoptará sus acuerdos por mayoría en los términos establecidos en los Estatutos. Corresponde al Patronato cumplir los fines fundacionales y administrar con diligencia los bienes y derechos que integran el patrimonio de la fundación, manteniendo el rendimiento y utilidad de los mismos.
El Patronato está formado por un número mínimo de tres miembros, que elegirán entre ellos un Presidente, si no estuviera prevista de otro modo la designación del mismo en la escritura de constitución o en los Estatutos. Asimismo, el Patronato deberá nombrar un Secretario, que deberá certificar los acuerdos del mismo y que puede ser una persona distinta a sus propios componentes.

Los patronos entrarán a ejercer sus funciones después de haber aceptado expresamente el cargo en documento público, o en documento privado con firma legitimada por notario o mediante comparecencia realizada al efecto en el Registro de Fundaciones. Asimismo, la aceptación se podrá llevar a cabo ante el Patronato, acreditándose a través de certificación expedida por el Secretario, con firma legitimada notarialmente. En todo caso, la aceptación se notificará formalmente al Protectorado, y se inscribirá en el Registro de Fundaciones.

El Protectorado de las Fundaciones será ejercido por la Administración General del Estado respecto de las fundaciones de carácter estatal o por la autonómica en su caso, y ha de velar por el correcto ejercicio del derecho de fundación y por la legalidad de la constitución y funcionamiento de las fundaciones.

Las funciones del Protectorado serán:

1º-Informar, con carácter preceptivo y vinculante para el Registro de Fundaciones, sobre la idoneidad y suficiencia de la dotación de las fundaciones en proceso de constitución.

2º-Asesorar jurídicamente a las fundaciones que se encuentren en proceso de constitución, y, a las ya inscritas, proporcionarles asesoramiento sobre su régimen jurídico, económico-financiero y contable y sobre cualquier otra cuestión relativa a sus actividades.

3º-Dar a conocer la existencia y actividades de las fundaciones existentes.

4º-Velar por el cumplimiento de los fines fundacionales teniendo en cuenta la consecución del interés general

5º-Verificar si los recursos económicos de la fundación han sido aplicados a los fines fundacionales, pudiendo solicitar a tal efecto toda la información necesaria al Patronato.

6º-Ejercer provisionalmente las funciones del Patronato si por cualquier motivo faltasen todas las personas llamadas a integrarlo.

7º-Designar nuevos patronos cuando los inicialmente designados no hubieran promovido la inscripción de la fundación durante el período de constitución. Ver Régimen de los patronos y sus responsabilidades.

La Ley 50/2002 crea, con carácter de órgano consultivo, el Consejo Superior de Fundaciones, integrado por representantes de la Administración General del Estado, de las Comunidades Autónomas y de las fundaciones. Sus funciones son, básicamente, las de asesorar e informar sobre cualquier disposición legal o reglamentaria de carácter estatal que afecte directamente a las fundaciones, así como formular propuestas en este ámbito, y planificar y proponer las actuaciones necesarias para la promoción y fomento de las fundaciones.