La Ley del IVA no permite la deducción de las cuotas de IVA soportadas en la adquisición de bienes y servicios destinados a la realización de actividades exentas (con determinadas excepciones). Sólo permite la deducción de las cuotas de IVA soportadas en las adquisiciones destinadas a la realización de operaciones no exentas.

El problema está en los casos en que los bienes o servicios adquiridos se emplean tanto para operaciones que originan el derecho a deducir, como de actividades que no lo originan. Para solucionarlo se emplea la regla de la prorrata, que permite deducir a la empresa sólo la cuota empleada para actividades que originan el derecho a deducir.

Existen dos reglas de prorrata, la prorrata general y la prorrata especial.

1. La prorrata general .

En este sistema de prorrata se determina un porcentaje que se aplicará a todas las cuotas soportadas por adquisiciones de bienes y servicios por la empresa.

El porcentaje se determina de acuerdo a la siguiente proporción:
Porcentaje de prorrata =[(Operaciones que originan el derecho a deducir) / (Total de operaciones realizadas)] x 100.

El procedimiento de aplicación de la prorrata general es el siguiente:

1-. Cada año se aplica como porcentaje provisional el porcentaje que resultó definitivo el ejercicio anterior.

2-. Este porcentaje supone la parte de las cuotas de IVA soportado que es recuperable frente a la Hacienda Pública, mientras que el resto, será un mayor importe de la adquisición realizada.

Supongamos que una empresa realiza una adquisición de 10.000 euros, por la que soporta 1.600 euros de IVA. Si la empresa está sometida a una prorrata del 25% (puede deducirse un 25% del IVA soportado), podrá deducirse 25%x1.600=400, mientras que los otros 1.200 euros (1.600-400) supondrán un mayor importe de la compra.

3-. Al final del ejercicio, se calcula el porcentaje definitivo del ejercicio, y se regulariza el IVA soportado que es deducible.
Si el porcentaje definitivo es mayor que el provisional:

Si por el contrario, el porcentaje es menor:

2. La prorrata especial.

En este procedimiento de prorrata se dividen los gastos realizados en adquisición de bienes y servicios en tres grupos:

- Gastos en la adquisición de bienes y servicios empleados exclusivamente en actividades que originan el derecho a deducir. En este caso, las cuotas de IVA soportadas, son deducibles en su totalidad.

- Gastos en la adquisición de bienes y servicios empleados exclusivamente en actividades que no originan el derecho a deducir. En este caso, las cuotas de IVA soportadas, no son deducibles en absoluto.

- Gastos en la adquisición de bienes y servicios empleados indistintamente en ambos tipos de actividades. En este caso, las cuotas de IVA soportadas son deducibles de acuerdo al procedimiento de la prorrata general.