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La protección de la incapacidad temporal de los trabajadores autónomos está supeditada al hecho de que el mismo haya manifestado su opción en tal sentido en el momento de causar el alta ( formalizándose necesariamente con una Mutua de Accidentes de Trabajo y Enfermedades Profesionales).
En el caso de que esta opción no se hubiera ejercitado en el momento del alta, podrá optar nuevamente una vez transcurridos tres años desde la fecha de efectos del alta, mediante solicitud por escrito presentada antes del día primero del mes de octubre. Pasados tres años, la opción se prorroga automáticamente salvo manifestación en contrario mediante solicitud en los términos indicados.

Además, junto con esta opción, que cubriría en principio la incapacidad temporal derivada de contingencias comunes, podrá optarse igualmente por la cobertura de las contingencias por accidentes de trabajo y enfermedades profesionales.

Si esta opción ha sido ejercitada, la protección se otorga en los mismos términos que en el Régimen General: se tendrá derecho a la prestación económica por incapacidad temporal a partir del cuarto día inclusive de la baja en el trabajo. Si se ha optado por la cobertura de las contingencias profesionales, si por alguna de estas causas se genera la incapacidad temporal, la prestación económica se obtiene a partir del día siguiente al de la baja.

En el caso de que la incapacidad temporal proceda de enfermedad se exige un período de cotización de 180 días en los cinco años anteriores a la solicitud para acceder a esta prestación; si la causa es un accidente no se establece este requisito.

La cuantía de la prestación se obtiene partiendo de la base reguladora (la base de cotización del mes anterior a la baja médica dividida entre 30) y aplicándole, en el caso de enfermedad común o accidente no laboral, el 60%, que se percibirá desde el cuarto día al vigésimo de baja, y el 75% que se percibirá desde el vigésimo primer día en adelante. En el caso de accidente de trabajo o enfermedad profesional se percibirá el 75% de la base reguladora desde el día siguiente al de la baja.

Como obligación de todo trabajador autónomo que se encuentre en situación de incapacidad temporal, en el plazo máximo de 15 días a contar desde el inicio de ésta se exige una declaración sobre la persona que va a gestionar el establecimiento en que realiza su actividad o, en su caso, la comunicación del cese temporal o definitivo de la actividad, además de aportar el parte médico de baja.